Le conseil de surveillance remplace le conseil d’administration. Ses missions sont recentrées sur les orientations stratégiques et le contrôle permanent de la gestion de l’établissement.

Il comprend trois collèges où siègent des représentants des collectivités territoriales, des représentants personnels de l’établissement et des personnalités qualifi ées, dont des représentants d’usagers.

Son président est élu parmi les représentants des collectivités territoriales et les personnalités qualifiées.

Le directoire est une nouvelle instance qui appuie et conseille le directeur dans la gestion et la conduite de
l’établissement. Instance collégiale, le directoire est un lieu d’échange des points de vue gestionnaires, médicaux et soignants.
Par ailleurs, la présence de chefs de pôles doit permettre d’assurer une plus grande cohérence entre stratégies de pôles et stratégie d’établissement notamment à travers les contrats de pôles

Elle contribue également à l'élaboration de projets relatifs aux conditions d'accueil et de prise en charge des usagers. Elle élabore le projet médical dans le cadre du projet d'établissement. Elle coordonne la formation médicale continue.

Le CTE est une instance consultative représentant les personnels non médicaux. Il est obligatoirement consulté sur les projets de délibération soumis au Conseil de Surveillance, les conditions et l'organisation du travail dans l'établissement, la politique générale de formation du personnel, les critères de répartition de la prime de service, la prime forfaitaire technique et la prime de technicité.

Il est tenu informé de la situation budgétaire et des effectifs prévisionnels et réels de l'établissement.

Constitué dans tous les établissements employant au moins 50 salariés, le CHSCT contribue à la protection de la santé physique et mentale et de la sécurité des salariés de l'établissement (information, recours à un expert...).
Il participe aussi à l'amélioration des conditions de travail.

Les Commissions administratives paritaires locales (CAPL) sont des instances consultatives représentant les personnels.
Elles sont obligatoirement consultées sur les questions d'ordre individuel concernant les agents, notamment en matière de titularisation, avancement d'échelon, avancement de grade, inscription sur une liste d'aptitude, ...

La commission des soins infirmiers, de rééducation et médico-techniques (CSIRMT) vise à associer, conformément aux dispositions du code de la santé publique (article L.6146-9), les acteurs du soin à la conduite générale de la politique de l'établissement.